市商务局内设12个职能科室。
　　（一）办公室
　　负责文电、重要文件材料起草、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、综治、政务公开等工作；拟订全市年度商务运行调控目标和措施并组织实施；就对外扩大开放、国内外贸易流通体制改革等重大问题提出意见和建议；负责全市招商引资和内外贸易的信息收集发布、动态跟踪及本机关信息库工作；负责商务网站建设和信息网络资料更新工作；负责本局的资产管理、机关财务和内部审计工作。
　　（二）组织人事编制科
　　负责局机关和下属企事业单位的队伍建设、组织人事、机构编制、宣传教育和离退休人员的管理工作。
　　（三）市场秩序科

　　牵头协调整顿和规范市场经济秩序的相关工作；推动商务领域信用建设，指导商业信用销售，建立市场诚信公共服务平台；参与组织打击商务领域侵犯知识产权、商业欺诈等工作；负责药品流通行业管理工作；负责商务工作所涉及的法律、法规和规章的收集整理工作；承担有关规范性文件的审核工作；承办相关行政复议和行政应诉工作。
　　（四）市场体系建设科
　　组织拟订健全规范市场体系的政策；推进流通标准化；牵头组织规范零售企业促销行为；指导大宗产品批发市场规划和城市商业网点规划、商业体系建设；推进农村市场和农产品流通体系建设；按有关规定对二手车拆解备案、拍卖、典当、租赁、旧货流通行业等进行监督管理。
　　（五）商贸服务管理科
　　承担批发、零售、餐饮、住宿等商贸服务业的行业管理；推动流通体制改革和连锁经营、商业特许经营、物流配送、电子商务等现代流通方式的发展；指导社区商业和商品会展业发展；提出促进商贸中小企业发展的政策和建议；指导流通领域节能降耗工作、再生资源回收工作；按有关规定对成品油流通进行监督管理。
　　（六）市场运行调节科
　　负责监测分析市场运行和重要商品供求状况；调查分析商品价格信息，进行市场预测预警和信息引导；承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作；承担重要消费品（肉类、食糖等）储备管理和市场调控的有关工作；承担酒类流通管理的相关工作和茧丝绸协调工作。
　　（七）第三产业协调发展科
　　组织拟订我市第三产业中长期发展规划，研究提出促进第三产业发展的政策建议，指导、协调全市第三产业发展，并落实相关规划内容；负责研究和指导流通体制改革和信访维稳工作。
　　（八）国内投资促进科
　　负责全市招商引资规划和年度计划；负责利用市外资金重大招商活动的组织和协调；拟订利用市外资金政策和发展规划，协调推进利用市外资金重大项目；研究利用市外资金情况并上报动态和建议；负责招商引资统计报表以及开放型经济业务统计报表汇总上报工作；负责全市招商引资项目的考核和项目资金的审验及奖惩兑现工作；协调指导外来投资企业协会工作。
　　（九）外国投资管理促进科
　　拟订和执行利用外资的管理规章；研究外商投资情况并上报动态和建议；审核外商投资企业的设立及其变更事项、重大外商投资项目合同章程及其法律特别规定的重大变更；依法监督检查外商投资企业执行有关法律、法规、规章和合同章程的情况并协调解决有关问题；参与拟订并组织实施利用外资的中长期规划；拟订利用外资重大招商计划并组织重大招商活动；协调推进外商投资重大项目；会同有关方面拟订并组织实施促进服务外包发展的规划、政策；负责为外商投资企业提供投资政策咨询和协调服务；建立健全外商投资企业的投诉协调和督办工作制度；受理、协调、督办投诉案件。
　　（十）对外贸易管理科
　　拟订对外贸易发展战略及中长期发展规划，提出促进对外贸易发展的建议；负责进出口企业经营资格备案和进出口业务统计、调度和分析；指导对外经贸交易会、境内外展销会、洽谈会等贸易促进活动和出口基地等外贸促进体系建设；承担重要工业品、原材料和重要农产品进出口总量计划的组织实施工作。
　　（十一）对外经济技术协作科
　　负责对口支援规划和组织实施工作；参与区域经济合作的组织协调工作；负责全市对外经济技术合作工作，拟订和组织实施对外经济合作的政策、规章和管理办法；指导和管理对外援助项目和受援项目，申报外经合作资金；审核对外经济合作企业经营资格，指导和推进对外工程承包、外派劳务合作和设计咨询等对外经济合作业务；承担外派劳务和境外就业人员的权益保护相关工作；拟订和组织实施对外投资政策及管理规章；负责对外直接投资统计工作。
　　（十二）口岸管理科
　　拟订和组织实施口岸发展规划、政策；负责铁路、公路、水运口岸（含作业区、特殊监管区等）的申报、建设、验收和管理；协调口岸事务，发展口岸物流，推动口岸文明共建；推进口岸区域“大通关”合作；负责电子口岸的规划、建设工作。
　　机关党委。负责机关和下属单位的党群工作。